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Logiciels

Notre laboratoire est spécialisé dans le développement de logiciels pour la biologie, l'écologie et l'océanologie, basés sur le language S, un language spécialisé pour les statistiques. Ce language est, entre autres, implémenté dans le logiciel open source R.

Ainsi, nous développons des packages spécialisés pour R, telle que PASTECS, ou encore, des applications complètes comme Zoo/PhytoImage.

Un axe important du développement logiciel pour nous est de rendre R plus abordable pour le biologiste, et en particulier, pour nos étudiants et nos collaborateurs. Dans cette optique, nous développons SciViews, qui propose une interface graphique facilitant l'utilisation de R.

Tous ces logiciels sont distribués en open source, comme R lui-même. Ils sont téléchargeables depuis le site SciViews.

Nos publications scientifiques relatives à ce thème sont référencées dans la base de données institutionnelle DI-Fusion ULB-UMONS.

THÈSES, MÉMOIRES ET STAGES

Travaux de thèse de doctorat, mémoires et stages ayant participé aux développements logiciels dans notre laboratoire :

  • Denis, K., (en cours). Etude en temps réel du plancton dans la zone côtière belge de la Mer du Nord à l'aide du FlowCAM et de Zoo/PhytoImage. Thèse de Doctorat à l'UMONS, promoteur : Ph. Grosjean.
  • Govaerts, P., 2010. Implémentation d'une technique de comptage automatique du nombre de cellules par colonies de phytoplancton de la Mer du Nord à l'aide du FlowCAM et de Zoo/PhytoImage. Mémoire de Master à l'UMONS, promoteur : Ph. Grosjean, 101pp avec les annexes.
  • Bonso, A., 2009. Correction d'erreur en classification supervisée. Application au logiciel Zoo/PhytoImage. Stage de Master à l'UMH, promoteur : Ph. Grosjean, 35pp.
  • Denis, K., 2006. Reconnaissance automatique du phytoplancton par analyse d'image avec Zoo/Phytoimage. Mémoire de DEA à l'UMH, promoteur : Ph. Grosjean, 71pp.
  • Denis, K., 2005. Etude de la diversité du plancton au large du récif de Tuléar (Madagascar) par analyse d'image. Mémoire de Licence à l'UMH, promoteur : Ph. Grosjean, 160pp avec les annexes.

 

Pouvons-nous vous être utile ?
Nous assurons des formations générales ou plus spécialisées à l'utilisation de R. Nous avons déjà dispensé ce genre de formation en français ou en anglais, notamment, à l' IFREMER (France), à AZTI (Espagne) et au CEFAS (Angleterre).
Nous développons aussi des solutions logicielles spécialisées en fonction de besoins spécifiques, également pour l'industrie, sous forme de sous-contractance. Contactez-nous pour en savoir plus...

LIENS DIRECTS...


ZooImage :
un logiciel pour le traitement du plancton par analyse d'image.


SciViews :
utilisation de R facile et intuitive, intégration avec l'éditeur de code Komodo.